ניתן להשיג מוצרים טהורים ובטוחים על ידי זיקוק מולקולרי בתהליך פעולה פשוט ופחות ציוד. טכנולוגיית זיקוק מולקולרי יכולה להפריד בין חומרים שלא קל להפרידם בזיקוק קונבנציונלי. מכשיר הזיקוק המולקולרי חייב לוודא שלחץ המערכת מגיע לוואקום גבוה, יש לו דרישות גבוהות לאיטום חומרים, והמרחק בין משטח האידוי למשטח העיבוי צריך להיות מתון. עיבוד הציוד קשה והעלות גבוהה.
צריכת האנרגיה של מוצרי זיקוק מולקולרי קטנה. בשל אובדן התחממות יתר הקטן של כל ההפרדה של הזיקוק המולקולרי, בשל הצורה המבנית הייחודית של מכשיר הזיקוק המולקולרי, הלחץ הפנימי שלו נמוך מאוד וההתנגדות הפנימית שלו קטנה בהרבה מזו של זיקוק קונבנציונלי, מה שיכול לחסוך מאוד באנרגיה צְרִיכָה.
להפרדה של נקודת רתיחה גבוהה, חומרים רגישים לחום ומחומצנים בקלות, זיקוק מולקולרי מספק את שיטת ההפרדה הטובה ביותר. מכיוון שזיקוק מולקולרי פועל בטמפרטורה הרבה מתחת לנקודת הרתיחה של החומר, וזמן השהייה של החומר קצר.
הסרט הנוזל המזוקק של זיקוק מולקולרי דק, יעילות העברת החום של המוצר כולו גבוהה, זמן החימום של החומר קצר, והמרחק בין משטח הנוזל המחומם למשטח העיבוי קטן מהנתיב החופשי הממוצע של מולקולות אור, כך שמולקולות האור הבורחות ממשטח הנוזל מגיעות כמעט למשטח המתעבה ללא התנגשות.
מכיוון שציוד המגדל משמש בעיקר לתהליך העברת המונים, יש צורך ליצור קשר מלא בין הגז-נוזל לשני שלבים כדי להשיג יעילות העברת מסה גבוהה. בנוסף לעמידה בתנאי התהליך, עליו לעמוד גם בדרישות הבסיסיות הבאות:
1. כושר הייצור צריך להיות גדול. כלומר, יכולת הטיפול בחומרים ליחידת זמן בקטע של מגדל היחידה צריכה להיות גדולה. בקצב זרימת גז-נוזל גדול, עדיין לא ידוע שמספר רב של תופעות כמו סחפת ערפל, חסימת נוזלים או הצפה פוגעות בפעולה הרגילה.
2. יעילות הפרדה גבוהה. כלומר, ניתן ליצור קשר מלא עם שלבי הגז והנוזל והשפעת ההפרדה טובה.
3. הפעולה גמישה. יש לו יכולת הסתגלות חזקה וטווח פעולה רחב. הוא יכול להסתגל לחומרים שונים ולשמור על פעולה יציבה במקרה של תנודות בעומס, ועדיין יש לו יעילות הפרדה גבוהה.
4. ירידת לחץ נמוכה. כלומר, ההתנגדות של נוזל העובר דרכו קטנה, מה שיכול לחסוך מאוד בצריכת החשמל של הייצור ולהפחית את העלות. אם ירידת הלחץ במגדל הוואקום גדולה מדי, המערכת תתקשה לשמור על הוואקום הדרוש.
5. מבנה פשוט, פחות חומרים מתכלים, קל לייצור והתקנה, מה שיכול להפחית השקעה ועלות.
6. הוא עמיד בפני קורוזיה, לא קל לחסום ונוח לתפעול, התאמה ותחזוקה.
